五股濕地的水域主要由大生態池與塭仔圳組成，受到潮汐、水位變化與人工棲地改造影響，形成多樣的濕地水域生態。

大生態池原本是釣魚池，經過棲地改造後，增設淺灘與緩坡，提供鳥類棲息與覓食空間，曾吸引大量黑腹濱鷸、東方環頸鴴及雁鴨科鳥類在此活動。

水域周邊可觀察到多種濕地生物，例如弧邊管招潮、台灣厚蟹、台灣泥蟹及無齒膛臂蟹等螃蟹，也常有鷺科與鷸鴴科鳥類出沒。

塭仔圳具有悠久歷史，早期曾是運河與灌溉水道，現今則成為五股濕地重要的潮汐水域，漲退潮會影響整體濕地生態與生物棲息環境。

近年因蘆葦擴張、泥沙淤積及外來植物蔓延，部分水域逐漸陸化，影響生物棲息空間；此外，潮水流動與水位變化也會牽動濕地生態平衡與物種生存。

五股濕地的灘地主要分布於疏洪沼澤公園、疏洪圳邊公園及疏洪生態公園，受到潮汐、水流與泥沙堆積影響，形成多樣的濕地生態環境。

灘地是許多生物的重要棲地，常可見小水鴨、鷺科、鷸鴴科鳥類，以及無齒膛臂蟹、紅螯膛臂蟹、大彈塗魚等生物在此覓食與活動。

過去灘地面積廣大，退潮時可觀察到大量螃蟹與水鳥聚集，但近年因蘆葦快速生長、泥沙淤積及布袋蓮蔓延，導致灘地逐漸陸化、面積縮小。

荒野保護協會與相關單位持續進行灘地營造、雜草移除及水道整理，希望恢復水鳥與濕地生物的棲息空間，目前已有小環頸鴴繁殖紀錄。

除了自然環境變遷外，人為餵食、流浪狗干擾及外來種問題，也對灘地生態造成影響，顯示濕地保育的重要性。

自民國94年起，每年8月傍晚（太陽下山前約20分鐘），會有大量燕子（如家燕、洋燕、棕沙燕）聚集飛舞，天黑後飛入蘆葦叢夜棲。

最佳觀賞地點為「蘆葦叢區與大生態池交接的自行車道」，荒野保護協會每年夏季都會舉辦賞燕活動。

因泥灘地逐漸被蘆葦覆蓋，此區目前較難觀察到水鳥。